ATOKをアップデートした時にうっかり前の設定を読み込まない選択をしてOKを押してしまったようで初期状態に戻ってしまいました。運良くPCのデータを移行した時の辞書登録バックアップが残っていたのでそこはセーフでした。

ハマってしまったのが、入力文字を日本語と半角と切り替えた時にいちいち入力モードの説明ポップアップがでてしまい消し方がなかなかわかりませんでした。

同じ事で悩まないように記録しておきます。
入力・変換タブの設定項目の表示を次の通りにしておけばOKです。

※バージョンによって多少プロパティのメニュー配置が違うかも知れません。